Wann der Ort entstanden ist, kann heute nicht mehr rekonstruiert werden. Der Ortsname deutet jedoch auf eine alte fränkische Siedlung hin. Der Ort war ursprünglich (circa 800 n. Chr.) eine Poststation auf dem Weg von Würzburg über Wertheim nach Aschaffenburg. Mit dem Namen Manno Gebur ist das Gebäude des Manno, des ersten Besitzers dieser Station, gemeint. Die dort gegründete Burg Mennegebühr bzw. Mengeburen wird erstmals in einer Urkunde im Jahr 1215 erwähnt und der gleichnamige Ort 1250. Etwa 800 Jahre gehörte der Ort zu Kurmainz. 1401 hatte Mönchberg bereits eine eigene Pfarrei mit einer eigenen Kirche. Im Mittelalter ermächtigte Kaiser Karl IV. den Erzbischof Gerlach zu Mainz dem Dorf das Stadtrecht mit eigener Gerichtsbarkeit zu verleihen. Gleichzeitig bekam Mönchberg das Recht eine Stadtbefestigung zu errichten, außerdem Marktrechte. Wohlstand erwarb sich der Ort am Spessart durch Forstwirtschaft und Handwerk. Wegen der abgelegenen Lage (abseits der Handelswege und Siedlungsgebiete am Main) konnte sich Mönchberg jedoch letztendlich nicht weiterentwickeln, sodass das Stadtrecht, das heute grundsätzlich nur für Gemeinden über 5000 Einwohner vergeben wird, wieder abgegeben werden musste. Das Marktrecht blieb hingegen bestehen. Nach dem Ende des Mainzer Kurfürstentums lag Mönchberg von 1803 bis 1810 im Fürstentum Aschaffenburg und damit von 1810 bis 1813 im Großherzogtum Frankfurt. Erst 1814 kam Mönchberg zum Königreich Bayern. Als Ergebnis des den Befreiungskriegen gegen Napoleon Bonaparte folgenden Wiener Kongresses 1814/15 musste Bayern seine österreichischen Zugewinne im Vertrag von München großenteils wieder aufgeben, bekam aber zum Ausgleich Teile der Pfalz sowie die fränkischen Gebiete um Würzburg und Aschaffenburg.
Im Jahr 1862 wurde das Bezirksamt Obernburg gebildet, auf dessen Verwaltungsgebiet Mönchberg lag. Wie überall im Deutschen Reich wurde 1939 die Bezeichnung Landkreis eingeführt. Mönchberg war nun eine der 35 Gemeinden im Landkreis Obernburg am Main. Mit der Auflösung des Landkreises Obernburg kam Mönchberg am 1. Juli 1972 in den neu gebildeten Landkreis Miltenberg.
Heute ist noch die alte Stadtmauer erhalten, die man zum Beispiel am Musikpavillon im Rosengarten sehen kann. Die letzten Reste der Burg wurden dagegen 1968 abgerissen. Der Ort hat zahlreiche mittelalterliche Gebäude und Fachwerkhäuser. An der Hauptstraße steht einer der ältesten Bildstöcke am Untermain. Dieser wird in die Mitte des 15. Jahrhunderts datiert und enthält im Schaft eine Darstellung des Heiligen Martin, was darauf hindeutet, dass Mönchberg zu der Urpfarrei St. Martin in Wörth gehörte.
Der Ort besitzt eine von Baumeister Johann Martin Schmitt, aus Miltenberg, gebaute barocke Pfarrkirche. Die Grundsteinlegung war im Jahr 1749. Das Gotteshaus besitzt eine barocke Ausstattung, die sich zu großen Teilen im Originalzustand befindet und insbesondere 1899 durch verschiedene Ausstattungsmerkmale ergänzt wurde.
